Pour la première fois la retenue du barrage de Foum-Gleita a fait l’objet d’un échantillonnage mensuel régulier s’étendant sur 12 mois, du 1^er septembre 2017 au 31 août 2018, afin d’étudier les variations spatiotemporelles de sa biodiversité en cyanobactéries toxiques et de leurs toxines ainsi que les facteurs environnementaux susceptibles de contrôler leur développement. Les valeurs moyennes issues des analyses physico-chimiques ont montré des eaux relativement chaudes (T° : 27,9 °C en surface et 24,2 °C au fond), relativement aérées en surface et proches de l’anoxie au fond (DO en mg/L: 9,06 en surface et 4,24 au fond), relativement riches en éléments azotés et phosphorés (DIN en mg/L: 3,86 en surface et 5,07 au fond ; TP en mg/L : 0,35 en surface et 0,43 au fond), avec un indice d’eutrophisation TSI-Carlson allant de 70 à 80 caractérisant la retenue prospectée comme hypereutrophe. L’analyse du phytoplancton par microscopie inversée et l’estimation du biovolume de cyanobactéries a permis d’identifier 8 genres de cyanobactéries (Microcystis, Gloeocapsa, Chroococcus, Dolichospermum, Oscillatoria, Planktothrix, Lyngbya,et Spirulina), cinq d’entre eux sont reconnus comme potentiellement toxiques (Microcystis, Dolichospermum, Oscillatoria, et Planktothrix) et sont dominés par les espèces Microcystis aeruginosa et Dolichospermum flos-aquae durant la saison chaude (mai à septembre). L’analyse des microcystines par chromatographie liquide haute performance-spectrométrie de masse en tandem (HPLC/MS) a révélé la présence d’un seul variant le plus toxique, la microcystine-LR (MC-LR), avec une concentration constamment élevée dans les échantillons d’eau de surface, en période de blooms (5,64 µg/L), dépassant 5 fois la limite de l’Organisation Mondiale de la Santé pour l’eau potable (1 µg/L) ; cependant, celle des échantillons d’eau profonde était beaucoup plus faible (0,83 µg/L). Les analyses statistiques utilisant la corrélation de Pearson et la régression linéaire multiple (MLR) ont montré que les facteurs limnologiques les plus influents sur l’abondance de M. aeruginosa et D. flos-aquae et la variation des concentrations de MC-LR dans les eaux de la retenue du barrage de Foum-Gleita étaient les concentrations de TP, DIN et Fe ainsi que la température et le pH de l’eau.