L’écosystème de la baie Saint Jean est à la fois riche et diversifié et il abrite d’importantes communautés de poissons, d’oiseaux et de mammifères marins. La baie de saint Jean est située dans la partie méridionale du PNBA, constituant une  vallée inter – dunaire envahie par la mer, avec une trentaine de kilomètres de long et d’une profondeur maximale de 5m (Severin-Reyssac J. 1985).

Cette baie représente un écosystème important par la présence d’espèces reliques (Mangroves) et les herbiers qui rendent cette zone un abri propice à diverses espèces de la faune marine.

C’est en vertu de toutes ces potentialités, qu’il est impératif pour l’IMROP d’assurer un suivi scientifique régulier de l’environnement de cette zone très sensible, tout en intégrant dans les préoccupations, les éventuels impacts engendrés par la construction d’une nouvelle à proximité de la baie de Saint Jean.

C’est pour ces raisons et dans le cadre de la coopération entre l’IMROP et le PNBA, une campagne de caractérisation de l’environnement écosystémique de la baie de Saint Jean s’est déroulée en pleine saison froide du 18 au 22 mars 2019 à bord de la vedette (Théodore Monod). Cette première campagne prospective a pour objectif général de décrire les caractéristiques environnementales, la nature des sédiments et les patterns spatiaux des assemblages des faunes ichthyologique et benthique, afin de mettre au point l’élaboration d’un programme de surveillance de l’environnement de la Baie Saint Jean.